یکی از مبانی معرفت¬شناختی اسلامی‌سازی علوم انسانی این است که ما سه روش عمده برای معرفت و کشف حقیقت در اختیار داریم:
۱. روش عقلی (فلسفه، ریاضیات، منطق)،
۲. روش حسی-تجربی (علوم تجربی)،
۳. روش نقلی-وحیانی (معارف دینی).
برخی موضوعات و مسائل را صرفاً با یک روش می¬توان مطالعه کرد،
مانند: 1. منطق و ریاضیات و بخشی از مسائل فلسفه که روش آن صرفاً عقلی است و تجربه به آن راه ندارد و متون دینی هم متعرض آن نشده است؛
2. مانند بسیاری از آموزه¬های دینی در باب عقاید و احکام که تنها از راه وحی می¬توان به آن راه¬یافت؛
و 3. همچون عمدۀ مسائل علوم تجربی که عقل محض در آن سخنی ندارد و دین نیز متعرض آن نشده است.
دسته¬ای از موضوعات و مسائل را می¬توان با دو روش مطالعه کرد: مانند برخی مسائل فلسفه، مثل بحث از صفات خدا و برخی احوال نفس و معاد، که هم با روش عقلی و هم با استناد به متون دینی می¬توان در آن¬ها تولید معرفت کرد.
و بالأخره گروهی از موضوعات و مسائل هست که می‌توان با هر سه روش فلسفی، تجربی و دینی در آنها به کاوش پرداخت، مانند انسان‌شناسی، تعلیم و تربیت، اقتصاد و بسیاری از مسائل مرتبط با علوم انسانی، که با هر روشی وجهی و بُعدی از موضوع و مسأله شناخته می¬شود. مثلاً می¬توانیم انسان¬شناسی فلسفی، تجربی، و دینی (کلامی، عرفانی) داشته باشیم.
دین می‌تواند در مسائل عقلی و تجربی نظر دهد و همچنین موضوعاتی را مطرح کند که فراتر از دسترس عقل محض یا تجربۀ صرف است. البته دین وارد همۀ حوزه¬های عقلی و تجربی نمی¬شود، چرا که هدف دین کشف همۀ حقایق علمی نیست و اساساً دین جایگزین علم بشری نیست. دین بر آن دسته از حقایق علمی تأکید دارد و باور به آن را لازم می¬داند که در سعادت نهایی انسان اثر تعیین کننده دارند، مانند اعتقاد به مبدأ و معاد. با این حال، گاهی دین برای برخی اهدافش به عرصه¬های عقلی و تجربی ورود می¬کند. در بسیاری از موارد نیز احکامی فراعقلی و فراتجربی را طرح می¬کند. این ویژگی در برخی احکام فقهی به‌خوبی آشکار است. برای مثال، دین مصرف الکل یا روابط جنسی خارج از چارچوب شرعی را حرام می‌داند، درحالی‌که عقل محض یا تجربه به‌تنهایی ممکن است نتواند به چنین حکمی برسد. از این‌رو، در تفکر دینی، برخلاف تفکر سکولار، در این گونه موارد، شریعت الهی معتبر و لازم‌الاجراست و نیازی به تأیید تجربی یا استدلال عقلی مستقل ندارد.
این تفاوت بنیادین در مبانی معرفت‌شناختی، دو الگوی متمایز در اندیشه و سبک¬زندگی دینی و سکولار پدید می‌آورد که گاه به تقابل‌هایی منجر می‌شود که وفاق کامل میان آنها را دشوار می‌سازد. تفکر دینی و تفکر سکولار، دو شیوۀ متفاوت در نگاه به جهان و زندگی ارائه می‌دهند که در برخی حوزه‌ها به سبک¬زندگی¬های کاملاً متفاوتی می‌انجامند، که گاه از آن به تعارض میان سنت و مدرنیته تعبیر می¬شود…
نواندیشی دینی به معنای تسلیم¬شدن در برابر سکولاریسم یا عدول از آموزه¬های دینی نیست. نواندیشی دینی هرگز همسان‌سازی دین با ارزش‌های سکولار، هم‌رنگ شدن با مُدهای متغیر زمانه یا توجیه اباحی‌گری را برنمی¬تابد. رسالت دین، تحول جهان و تعالی اندیشه و عمل انسان بر اساس معیارهای الهی است، نه انفعال در برابر جریان‌های فکری روز یا استحالۀ هویت دینی.
اگر روشنفکری دینی به‌دنبال حذف تفاوت‌های ذاتی دین و سکولاریسم یا هضم دین در سکولاریسم باشد، پروژه‌ای است که دین را از اصالت و هویتش تهی می‌کند و در نتیجه ناسازگار با آموزه¬های دینی و محکوم به شکست است.
حاصل سخن در این بخش این است که بایداز همۀ روش¬های معتبر معرفت بهره برد و هرجا که هر روشی کاربرد دارد باید از آن روش استفاده کرد. مثلاً در روانشناسی، مطلوب این است که ما براساس سه روش یادشده، سه نوع روانشناسی داشته باشیم: فلسفی، تجربی، دینی. هر یک از اینها، به¬ویژه فلسفی و دینی، در درون خود از تنوع دیدگاه¬ها برخوردارند.
روانشناس مسلمان در کنار روانشناسی فلسفی و تجربی، روانشناسی دینی و احیانا عرفانی هم دارد و البته که روانشناسی دینی را به کسانی که بیرون از دین¬اند و یا روانشناسی عرفانی را به کسانی که خارج از حلقۀ عرفان قراردارند، تحمیل نمی¬کند و این رویکردهای متنوع در روانشناسی را با هم درنمی¬آمیزد. با استفاده از همۀروش¬ها و منابع معرفت، روانشناسی ما جامع¬تر و در نتیجه غنی¬تر خواهد شد.